О сезоне: Атлантиде удалось избежать уничтожения города Духами, но заставить их поверить, что на самом деле станция уничтожена, также членам экспедиции удаётся наладить несистематический контакт с Землёй благодаря новому линейному крейсер Земли — Дедалу и новому МНТ. Шепард получает повышение до подполковника, а бывший бегун Ронон Декс заменяет место лейтенанта Форда в команде. Основная сюжетная линия этого сезона построена на исследованиях доктора Беккета по созданию ретровируса способного превращать «Духов» назад в людей. Хотя первые опыты с незаконченным вирусом и приводят к плачевным результата с девочкой «Духом», и чуть не заканчивается превращением Шепарда в «Иратус жука», исследования улучшенной версии приводят к неоднозначным результатам с «Духом» Михаилом. Сезон снова заканчивается «неоднозначным финалом», когда флот Духов начинает свой полёт к Земле.