Один из спасшихся после взрыва комплекса Майкла принес дурные вести в Атлантис.
Картер немедленно собрала спасательную команду, включив в нее д-ра
Келлер и недавно прибывшую в город капитана Алисию Вега. Однако, когда
они прибыли на планету, Рейфы открыли входящую червоточину, чтобы
предотвратить бегство.

На связь с атлантийцами выходит Тир, земляк Ронона, чтобы сообщить, что ему
удалось избавиться от внушенного раболепия перед Рейфами, и теперь он
хочет наладить испорченные отношения. В результате Декс оказывается в
плену, и команда Шеппарда должна успеть спасти его до того, как Рейфам
удастся промыть ему мозги.

На орбите Новой Лантии внезапно появляется Дедал, тогда как он должен находиться на
Земле. Сканирование показывает, что на борту нет никого живого. Команда
Шеппарда поднимается на борт и обнаруживает в журнале последнюю запись
о бедствии, сделанную капитаном Соболем. Пока они пытаются понять, кто
это такой, происходит неожиданный всплеск энергии, и Атлантис исчезает
с поверхности планеты.

Попытки группы репликаторов, стремящейся к вознесению, увенчались успехом - они нашли
способ перевести свои сознания в энергетическую форму и избавиться от
физических тел. Сразу же после этого они, во главе с копией д-ра Вейр,
явились в город Предков. Атлантийцы узнали об этом, когда перед ними
неожиданно появилась Френ.

МакКей неожиданно заболевает. Доктор Келлер обнаруживает в его мозгу
паразитирующий организм, который нельзя удалить хирургическим способом.
Родни очень быстро теряет все свои знания, навыки и память, как будто
снова становясь ребенком. Джинни Миллер спешит в Атлантис, чтобы
навестить брата, но к моменту ее прибытия МакКей уже никого не узнает.
Тогда Ронон рассказывает Джинни о святыне на планете Талус, в котором
Родни перед смертью на один день сможет снова стать самим собой.

Бекетт попросил отложить свое возврашение на Землю: женская команда Атлантиса как раз
обнаружила подземный комплекс Майкла с 12ю подопытными в стазисе. Пока
Карсон и д-р Элисон Портер изучали лабораторию, Шеппард и майор Энн
Телди отправились осматривать окрестности. Ближайшая деревня оказалась
заброшенной, но только когда ночной туман нарушил работу всей
электроники, а гибриды начали пробуждаться, атлантийцы поняли, что не
все из них переживут эту ночь.

Основываясь на исследованиях Майкла, атлантийцы разработали новую генную терапию,
которая дала Рейфам возможность питаться обычной пищей. Для тестов они
обратились за содействием к Тодду, но он потребовал ответную услугу:
ему как раз нужна была помощь Тейлы, чтобы она выдала себя за Королеву
его улья, и Тодд смог вступить в переговоры с союзниками. Однако
взаимные подозрения между Рейфами слишком сильны, и операция сразу же
начинает идти не по плану.

МакКей и Ронон вместе вызываются помочь Келлер с медосмотром на другой планете.
Неожиданно Дженнифер исчезает, и Ронон обнаруживает следы похищения.
Тем временем на планету прибывают Рейфы, и Дексу удается понять, что
преследуют Беглеца. Появляются подозрения о связи этого события с
исчезновением Келлер.

Несмотря на недовольство МакКея, доктор Джексон прибывает в Атлантис, чтобы изучать
труды Януса - Древнего, который изобрел машину времени. Изыскания
приводят его к первому контакту с новой расой галактики Пегас, и эта
раса настроена вовсе не дружелюбно по отношению к атлантийцам.