Доктор Даниель Джексон обнаружил адрес затерянного города Древних, командование Звёздных Врат собрало международную экспедицию во главе с доктором Элизабет Вейр. Казалось бы, что может быть проще, чем прибыть в галактику Пегас и оживить город Древних? Но и тут не обошлось без проблем: оказалось, что в этой галактике так же существуют расы, способные уничтожить как Землю, так и другие миры «Млечного Пути», и называют их Рейфами.

Первоначально Атлантида находилась на Земле, но когда землю охватила чума, много Древних погибло, и оставшиеся Древние покинули галактику «Млечный Путь».
И прибыли в галактику «Пегас». Но и в этой галактике нет жизни без проблем, они встретили жестокую расу, называемую «Рейфами».

Рейфы питаются человеческими жизнями, они жестоки и не знают человеческой жалости.
Они беспощадно уничтожали целые деревни. И защитить миры от Рейфов могли лишь Древние. Древние очень долго боролись с Рейфами, и в конце концов они сдались, и так как они многие годы находились в осаде, и проигрывали Рейфам, Древние были вынуждены погрузить город под воду, охватив город щитами.
И так как Древние не хотели, что бы город нашли Рейфы, они заблокировали все адреса, кроме Земли!

И когда Земная экспедиция во главе с Элизабет Вейр прибыла на Атлантиду спустя
10 000 лет, после того как город покинули Древние, город стал оживать, и окончательно истощил МНТ (Модуль Нулевой Точки), во многих секторах города отказали щиты.

Подполковник Самнер со своей командой отправились искать планету для спасения экспедиции. И как только они вошли в контакт с жителями планеты Атос, на планету напали Рейфы, подполковника Самнера и несколько жителей Атоса похитили Рейфы.
Шепард был вынужден переправить оставшихся Атозианцев на Атлантиду, где и без них проблем полно.

И когда щиты окончательно ослабли, Атлантида неожиданно стала всплывать, после того как Атлантида всплыла, Шепард с командой отправились спасать Самнера, и несколько жителей Атоса. Подполковника Самнера съела Хранительница Рейфов, ну а остальных спасли. Но когда Шепард убил Хранительницу, все Рейфы проснулись, и теперь они отправятся кормиться.