В Антарктиде на аван посте древних, Даниель Джексон обнаружил адрес затерянного города, и теперь экспедиция воглаве с Элизабет Вейр готова переместиться в далекую галактику Пегас, куда 10000 лет назад ушли Древние вместе со своим легендарным городом Атлантидой (Атлантисом). Однако экспедиция, отправившаяся туда, находит город пустым и погруженным под воду. МНТ истощены, энергии недостаточно ни на поддержание щита, ни на возвращение на Землю. Жители Атлантиса вынуждены искать новый дом в галактике Пегас. Деревня Атозианцев переживает нападение Рейфов. Многие жители забраны на корабли-ульи. Вместе с ними и полковник Самнер. Оставшихся жителей майор Шеппард перемещает на Атлантис, чем вызывает перегрузку щита и систем обеспечения. Но вместо затопления город поднимается на поверхность.

Доктору Бекетту удается привить Родни МакКею ген Древних, и тот сразу надевает на себя персональное защитное поле. Во время игры в прятки мальчик-Атозианец заблудился в городе и случайно выпустил на свободу древнее энергетическое существо, питающееся электричеством. Высасывая энергию из генераторов, оно становится все больше и больше.

К шее майора Шеппарда присосался инопланетный жук, питающийся жизнью, как и Рейфы. Экипаж джампера стремится быстрее вернуться на Атлантис, чтобы помочь ему, но корабль застревает во Вратах. У МакКея есть только 38 минут, чтобы починить джампер, прежде чем Врата закроются.

Команда майора Шеппарда, отправляясь на исследование других планет, постоянно натыкается на засады Рейфов. Атлантийцы думают, что в городе появился шпион. Основное подозрение падает на Атозианцев. У Тейлы находят передатчик Рейфов, встроенный в амулет.

Падл-джампер теряет управление и падает на планету, где люди живут только до 24 лет, а потом приносят себя в жертву. Они уверены, что именно это защищает их от нападения Рейфов. МакКей же считает, что причина в силовом поле, окружающем селения, которое поддерживает МНТ.

Ученые планеты Хофф много лет пытаются изобрести вакцину, которая бы делала людей «несъедобными» для Рейфов. Бекетт помогает усовершенствовать его. Атлантийцы разрешают провести эксперимент с их пленным Рейфом. Однако вакцина имеет не просто защитный эффект.

Тейла знакомит Атлантийцев с Дженаями - простым народом фермеров. Жители Атлантиса пытаются договориться с ними о поставках продовольствия. Но случайно МакКей и Шеппард обнаруживают подземный бункер и узнают, что Дженаи гораздо более развитая нация. Подземный город - их защита от Рейфов.

Команда Шеппарда обнаруживает планету, покрытую заряженным туманом. Его энергии хватит, чтобы попасть на Землю через Врата. Шеппард, Вейр, МакКей, Тейла и Форд отправляются домой, но там они узнают, что у них нет возможности вернуться обратно на Атлантис, так как космический корабль Дедал поврежден. Да и вокруг творятся странные вещи.

На город надвигается шторм. Атозианцы и Атлантийцы вынуждены эвакуироваться на другую планету. У МакКея и Зеленки есть план, как защитить город. МакКей, Вейр и Шеппард остаются на Атлантисе, чтобы реализовать его. Дженаи, воспользовавшись беззащитностью города, захватывают Атлантис.

Шторм практически накрыл город. МакКей и Вейр в заложниках у командующего Коли. Шторм на материке на некоторое время стих. Бекетт, Тейла и Форд решают вернуться на Атлантис, чтобы помочь Шеппарду. Майор старается не допустить прибытия в город солдат Дженаев.