2 Season
О сезоне: Атлантиде удалось избежать уничтожения города Рейфами, и заставить их поверить, что на самом деле город уничтожен, также членам экспедиции удаётся наладить несистематический контакт с Землёй благодаря новому линейному крейсеру Земли — Дедалу и новому МНТ. Шеппард получает повышение до подполковника, а бывший беглец Ронон Декс занимает место лейтенанта Форда в команде Шеппарда.
Основная сюжетная линия этого сезона построена на исследованиях доктора Беккета по созданию ретровируса способного превращать Рейфов в людей. Хотя первые опыты с незаконченным ретровирусом и приводят к плачевным результата с девочкой Рейфом, и чуть не заканчивается превращением Шеппарда в «жука Иратуса», исследования улучшенной версии приводят к неоднозначным результатам с Рейфом Майклом.
Сезон снова заканчивается «неоднозначным финалом», когда флот Рейфов начинает свой полёт к Земле.
