Наши дни. На заставе Древних в Антарктиде кипит работа. Родни МакКей  исследует работу кресла Древних, используя группу людей, у которых обнаружен необходимый ген Древних. Один из его подопытных - доктор Карсон Бекетт, который боится садиться в кресло.

Даниель тоже работает на этой заставе, и как раз в это время он обнаруживает, что адрес Затерянного города состоит из 8 символов, т.е. Атлантида находится не в нашей галактике. Джексон определяет, что адрес ведет в галактику Пегаса. О'Нилл направляется в гущу событий на вертолете, за штурвалом которого - майор Джон Шеппард, служащий на одной из близлежащих американских баз, и ничего не знающий о заставе, вратах и Древних. К этому моменту, МакКею удается уговорить Бекетта сесть в кресло. Когда Бекетт попытался сконцентрироваться в нем, неожиданно из арсенала базы показался самонаводящийся снаряд и отправился искать цель. А самой доступной целью оказался вертолет Джека. Шеппард начал уворачивать вертолет от снаряда, а Беккет в это время пытался расслабиться и нейтрализовать оружие - в последний момент ему это удалось.

Когда О'Нилл, наконец, добрался до базы, Вейр организовала брифинг, на котором Даниель объяснил, что Древние покинули Землю, улетев вместе со всем городом. Найти Атлантиду хотят все, но для этого нужен Модуль Нулевой Точки иначе энергии не хватит. Джек нехотя, но согласился на экспедицию.

А в это время Шеппард прогулялся по заставе, поболтал с Бекеттом, который выложил ему все о Звездных вратах и генах Древних, а потом устал и не нашел удобнее места для отдыха, кроме Кресла. Неожиданно Кресло активировалось. Прибежал весь командный состав, а МакКей начал, не теряя времени, изучать возможности Кресла и Шеппарда. Он попросил Джона представить Землю в Солнечной системе - мгновенно над его головой появилась голографическая карта...

О'Нилл попытался объяснить Элизабет, что Джон не идеален, но Вейр попросила Джека посмотреть в зеркало. Но тут выяснилось, что Шеппард не горит желанием отправляться в другую галактику - правда, Джек быстро вставил ему мозги на место.

Итак, международная экспедиция готова к отправке, но что они найдут в галактике Пегаса и смогут ли вернуться - никто не знает.
Стабильная червоточина установилась, и экспедиция небольшими группами отправилась в путь. Дэниелу Джексону так хотелось, в галактику Пегас, но О’Нилл опять сказал нет.

По ту сторону врат обнаружился огромный город древних - Атлантида, он же - база Атлантиc.  Город обнаружив присутствие человека, начал оживать от многотысячелетнего простоя. Команды Самнера начали обследовать базу, обеспечивая безопасность. И тут выяснилось, что город находится под водой, а от затопления его спасает энергетический купол. А потом МакКей обнаружил голограмму. Девушка рассказала, что они прибыли в эту галактику, чтобы распространить в ней жизнь, но на одной из планет они разбудили ужасных созданий, которые питались людьми. Эти создания уничтожили все молодые миры, остался только Атлантис, но силы Древних слабели, они были вынуждены погрузить город под воду и уйти на свою родную планету.

На этом сюрпризы не закончились: оказалось, что МНТ, питающие город, почти исчерпаны, поэтому купол начал слабеть и вот-вот город будет затоплен. Необходимо либо найти источник энергии, либо покинуть город - но для возвращения на Землю энергии тоже не хватает. А вот путешествия по галактике Пегаса вполне возможны - так и начали новоявленные Атланты исследовать базу данных Древних.

Первым же миром стала планета Атос. Оказалось, что ее население очень малочисленно, и все они занимаются земледелием, охотой и торговлей с другими планетами. Лидер этого народа, Тейла Эммаган заявила, однако, что они не торгуют с незнакомцами. Шеппард сразу же предложил организовать знакомство. Атозианцы очень удивились, что гости прибыли из города их предков. Они рассказали, что все планеты этой галактики терроризирует раса Рейфов, и если земляне не знают кто это, лучше бы им быстро улететь домой.

Тейла повела Шеппарда к развалинам древнего города атозианцев. По пути Шеппард нашел медальон Тейлы, который она потеряла еще в детстве, а потом они достигли древних наскальных рисунков о нашествиях Рейфов, которые случаются с некоторой периодичностью.

И тут группа военных, дежурившая у врат, неожиданно зафиксировала их активацию. Когда червоточина открылась, из нее появились небольшие летательные аппараты, направившиеся к деревне. Тейла, сопровождавшая Шеппарда на обратном пути к поселению, безошибочно узнала звуки нашествия Рейфов.

Достигнув деревни, корабли начали испускать синие лучи, телепортирующие попавшихся на борт. Атлантам пришлось палить вокруг, так как со всех сторон к ним приближалось нечто - пока Тейла ни предупредила, что все это лишь видения, которые посылают Рейфы для запугивания. Собрав нужное количество жертв, корабли улетели обратно через врата. Среди захваченных оказались Самнер и Тейла. В качестве трофея Джон унес оторванную руку Рейфа.

В это время на Атлантисе купол совсем начал разрушаться, и Вейр приказала эвакуировать всех на другую планету. МакКей начал набирать последовательность, но врата активировались извне: это вернулись военные во главе с Шеппардом и в сопровождении уцелевших Атозианцев. Такого количества нахлебников генераторы Атлантиса обеспечить не могли, и щит затрещал по швам. Но когда все уже приготовились хлебнуть водички, город начал движение вверх. К моменту полного разрушения щита, Атлантис уже оказался на поверхности океана.

Форду, находившемуся около наборного устройства, удалось запомнить символы координат, и Шеппард приказал МакКею определить последовательность адреса планеты Рейфов.

Элизабет уединилась с Джоном на балконе Атлантиса и устроила ему взбучку по поводу нецелесообразности и опасности затеянной им спасательной операции. Но Шеппард сказал, что не может бросить товарищей. Потом Вейр отчитала его за привод Атозианцев - ведь вполне возможно, что это один из них вызвал Рейфов. Но Шеппард напомнил ей про презумпцию невиновности.

Доктору Беккет исследовал руку Рейфа и был крайне удивлен и испуган: пальцы руки продолжали шевелиться, ее клетки казались чрезвычайно дряхлыми, почти мертвыми, но, тем не менее эти клетки обладали невероятной способностью к регенерации. МакКей выяснил, что только одна комбинация символов открывает врата. Но отправленный зонд показал, что эти врата находятся в открытом космосе. Тут-то все и вспомнили, что чуть раньше обнаружили док с небольшими кораблями: похоже, эти корабли и предназначены для полетов через врата - поэтому их и решили назвать падл-джамперами. Шеппард сел в джампер и без труда освоил управление им силой мысли, кроме того, он нашел возможность делать корабль невидимым.

У себя на планете Рейфы решили познакомиться с пленниками, выбрали одного из них и повели к своей предводительнице. Самнер попытался спасти выбранного, предлагая себя взамен, но за ним пришли лишь в следующий раз. В зале, куда его привели, он увидел высушенный скелет предыдущей жертвы, а потом появилась «Смотрительница» - охраняет спящих Рейфов на корабле улье.

Команда Атлантов прибыла на спасательную операцию, и Шеппард с Фордом без труда обнаружили базу Рейфов. С помощью устройства Древних, найденного на джампере, и показывающего расположение живых существ на местности, быстро удалось обнаружить заключенных. Шеппард приказал Форду освободить их и заминировать здание, а сам отправился искать Самнера.

Предводительница Рейфов почувствовала, что полковник голоден и начала интересоваться, почему он сдерживает свой голод - ведь все живые существа должны есть. Она рассказала, что землян захватили за то, что они злоупотребляли кормовыми землями Рейфов. Ей удалось вытянуть из Самнера, что его планета - Земля, что это в другой галактике, и ее населяют много миллиардов людей. У нее уже потекли слюни, но полковник больше ничего не сказал. Потом она удивилась, что Самнер почти не боится ее. При этом он просто источает силу, а, значит, крайне аппетитен. Страшилка положила руку на грудь Самнеру и начала высасывать его жизнь. Шеппард услышал стон и побежал на его звук. Когда он достиг зала, полковник уже превратился в дряхлого старца и медленно умирал. Джон выстрелил в нескольких Рейфов, но большинство их ран сразу же затянулись, тогда он решил просто облегчить страдания Самнера. Но в тот же момент один из Рейфов-охранников оглушил Шеппарда. Разъяренная предводительница начала пытать Джона, особенно, когда увидела устройство Древних. Но тут появился и начал стрелять в «Хранительницу» Форд. Шеппард очухался и успел проткнуть ее какой-то трубой. Одновременно начали взрываться мины по всей базе. Умирая, Хранительница сказала, что земляне будут иметь большие проблемы: ее группа только охраняла сон огромного количества других Рейфов. Убегая с базы, Шеппард заметил, что ячейки, где спали Рейфы, начинают открываться...

Оказалось, что уйти незамеченным джампер не сможет. Пришлось Шеппарду освоить управление оружием Древних силой мысли. Комбинируя оружие и режим невидимости, джамперу кое-как удалось вернуться на Атлантис, почти вовремя загородившись от обстрела энергетической диафрагмой. По поводу заселения на Атлантиса и почти успешной спасательной операции, Вейр устроила праздничный фуршет, во время которого сообщила Шеппарду, что теперь он старший по званию офицер, и она ждет, когда он соберёт себе команду для исследования миров галактики Пегаса. Серию скачать можно здесь.