Работа над межгалактическим мостом врат закончена, и первое испытание прошло успешно – Шеппард за несколько минут на джампере, стартовавшем из Атлантиса, добрался до Земли. В это время Дедал ждал результатов испытания посередине межгалактической пустоты, как раз там, где началось строительство новой космической базы – перевалочного пункта посередине моста. Назад Джон тоже вернулся без приключений, вот только МакКей и Колдвелл притормозили его на недостроенной станции – Родни засек какие-то непонятные показания датчиков, поэтому решено было не спешить, до выяснения причин.

Удалось выяснить, что показания соответствуют объекту, движущемуся из Пегаса в Млечный Путь на скорости, близкой к скорости света. Прыгнув через гиперпространство вперед объекта, Родни удалось просканировать его и определить, что это военный корабль Древних. Пока все думали, как послать Древним весточку, корабль вдруг начал замедляться, и на борту Дедала появилась голограмма женщины. Она назвала себя Хилией, коммандером лантийского корабля, и попросила помощи у незнакомого ей судна, снабженного гиперпространственной технологией. Колдвелл, естественно, немедленно согласился, и уже через несколько часов Древние вновь оказались в стенах Атлантиса.

Хилия рассказала, что когда они вернулись в город после очередной битвы с Рейфами, эвакуация на Землю уже началась, поэтому они решили тоже отправляться вслед за сородичами. Но по пути у них вышел из строя гипердвигатель, поэтому они решили продолжать путь на скорости, близкой к скорости света, хоть это путешествие и должно было занять миллионы лет. К счастью, через 10000 лет пути им удалось повстречать Дедал...

Оказавшись в Атлантисе, Хилия сразу же поблагодарила Вейр за сохранение города, но попросила устроить встречу с высшим руководством. В Пегас сразу же прибыли Вулси и О'Нилл, но, как оказалось, только для того, чтобы услышать, что лантийцы просят как можно быстрее освободить город. Как ни расстроены были все земляне этим требованием, уломать Древних на сожительство не удалось, что можно понять: они попросили просто на некоторое время оставить их дома в покое, чтобы продолжить общение позднее. Кроме того, они разрешили оставить одного представителя, но только не Элизабет. Представителем стал Вулси.

Пришлось начинать собирать вещи и прощаться: О'Нилл пообещал вывод контингента в 48 часов, и многие сразу же получили новые назначения на Земле. Народ Тейлы Древние тоже решили переселить на другую планету, где к ним должны были присоединиться Тейла и Ронон, которые отказались покидать родную галактику, когда она страдает от Рейфов. Шеппард, конечно же, тоже не решился остаться в Пегасе.

Время шло, все постепенно обустраивались на новых местах, хоть и скучали друг по другу. Элизабет была разбита больше всех – она сидела дома, на диване, не принимая предложений о работе. О'Ниллу пришлось вернуться на Атлантис по просьбе Древних – Лэндри предположил, что это их Вулси быстро успел достать. Как бы то ни было, во время очередного сеанса связи Джек сообщил, что к городу приближается корабль репликаторов, но Древних это не очень волнует, так как программа Репликаторов не позволит им напасть на создателей.

Этим же вечером старые друзья решили устроить совместный ужин в ресторане. Элизабет не отвечала на звонки, поэтому Карсон просто заехал к ней в гости и не оставил возможности отказаться. Они мило посидели, вспоминая Атлантис, но уже перед расставанием у всех, кроме Бекетта, вдруг зазвонили мобильные – Лэндри требовал немедленно прибыть на базу.

Оказалось, что Репликаторы проигнорировали предупреждение, что город вновь контролируют лантийцы, и напали на Атлантис. Джек успел сообщить это незадолго до того, как связь оборвалась. Лэндри собрал всех для того, чтобы выяснить лучший способ обойти щиты города, чтобы телепортировать в него бомбу – Дедал уже был на пути туда, собираясь выполнить это задание, согласно предварительным предписаниям генерала О'Нилла. Все бывшие Атлантийцы тут же начали возражать против этого плана: Шеппард попросил дать ему всего 60 морпехов, а МакКей пообещал обойти щит врат – так можно было бы попытаться спасти хоть кого-то. Лэндри отказал.

Тогда Атлантийцы решили действовать самостоятельно. Пока Элизабет натужно отвлекала доктора Ли, пытаясь выдать себя за заядлую геймершу, Родни влез в его компьютер и разрешил себе доступ к джамперу. Так они все вместе оказались в джампере, МакКей заблокировал управление вратами из диспетчерской, и они успешно покинули базу, через несколько минут оказавшись на промежуточной станции. Проигнорировав увещевания Лэндри о нарушении приказа, Шеппард продолжил вести команду на спасение города. Правда, по пути они сделали остановку на планете, где теперь обитали Ронон с Тейлой, и успели захватить их с собой за минуту до того, как они почти согласились на предложение Дженаев.

Когда в кишащем Репликаторами Атлантисе вдруг появился джампер Шеппарда, они ничего не успели сделать от неожиданности. Зато Шеппард вышел на связь с О'Ниллом – так сложилось, что Репликаторы смогли уничтожить всех Древних, но Вулси и О'Нилл благополучно скрылись от них в той части города, где работа сенсоров была нарушена. Джон пообещал вернуться через пару часов, не вдаваясь в объяснения. В это время МакКей выкинул из джампера бомбу в подарок репликаторам, а сам джампер внезапно дал задний ход и покинул город через одну из витражных стен.

Бомба детонировала, серьезно повредив центр управления города. Это на некоторое время отвлекло Репликаторов и дало Атлантийцам возможность спокойно приступить к реализации плана. А план был таков: подобрать парящего на орбите Ниама, загрузить в него снова программу, которая заморозит всех репликаторов, а потом спокойно пройтись по городу с анти-репликаторской пушкой, которую совсем недавно изобрела Картер.

Начало этого сценария без труда удалось реализовать, и Родни приступил к работе над загрузкой программы в обездвиженного Ниама. Однако, чтобы программа распространилась по всем Репликаторам, нужно было подобраться поближе к городу, что оказалось проблемой – предыдущая стычка повредила джампер, и теперь нельзя было переключить его щиты на маскировку. Ребята надеялись, что Репликаторы не смогут засечь их, потому как сенсоры удалось повредить взрывом, но Репликаторы выставили наблюдательные посты вокруг города, и заметили приближение джампера визуально. Немедленно из города вылетели три снаряда и начали преследование Атлантийцев. Уйти из под удара удалось только тогда, когда Шеппард заставил джампер нырнуть в океан. Чтобы не подставляться снова, движение к городу продолжили под водой. И тут выяснилось, что В Атлантисе есть еще что-то вроде подводного ангара – туда джампер и направился. Вот только этот отсек оказался поврежден, и шлюз отказывался работать: запустить откачку воды из ангара с панелей джампера не удавалось, а джампер получил в бою несколько трещин, поэтому вода пребывала.

Пришлось попросить помощи у О'Нилла. В самом ангаре должен был быть пульт управления, вот к нему Джек и должен был добраться. Только оказалось, что зал управления ангаром тоже затоплен – пришлось О'Ниллу готовиться к водным процедурам. Оставив дрожащего Вулси у люка, он нырнул под воду. Несколько раз повторив это, Джек смог открыть люк ангара и откачать воду, вот только когда он вернулся к Вулси, там его уже поджидали Репликаторы.

Захватив пленников, репликаторы сразу запустили им руки в головы, и узнали о спасательной операции Шеппарда. Поэтому они были готовы, и активировали Ниама до того, как МакКей закончил загрузку своего вируса. Когда Ниам ожил, Родни ничего не оставалось, как уничтожить его дезинтегратором Картер. Нужно было придумать новый план. Ронон предложил просто пострелять всех по-очереди, но МакКей не согласился – если дезинтегратором уничтожить не всех репликаторов одновременно, то они быстро вычислят его частоту и смогут заблокировать его действие. Тогда сам Родни предложил использовать взрывчатку С-4...

МакКей и Шеппард пробрались к камере, чтобы освободить пленников. Оказалось, что Репликаторы сменили коды, и Родни начал пытаться взломать их, чтобы открыть дверь. Параллельно он рассказал, что они решили стать камикадзе: идея состояла в том, чтобы заминировать все генераторы щита города – как только Репликаторы попытаются активировать его, генераторы будут уничтожены и Дедал спокойно сможет телепортировать боеголовку. Но вытащить пленников МакКей не успел – Шеппард услышал шаги в коридоре, и им пришлось убегать.

Пока Атлантийцы реализовывали этот план, репликаторы спокойно занимались восстановлением города, рассудив, что с работающими сенсорами найдут лазутчиков в секунду. Так и вышло. Как только все системы заработали, Репликаторы отправили поисковые отряды по найденным сигналам и начали запуск гипердвигателя города, чтобы лететь к себе домой. Но такой сценарий совершенно не устраивал команду Шеппарда. К счастью, Тейла и Карсон как раз были неподалеку от Кресла, и Джон приказал им уничтожить двигатели города снарядами. Бекетту пришлось согласиться, и он без труда выполнил требуемое. К сожалению, это было последнее, что удалось сделать атлантийцам – поисковые отряды как раз отыскали всех лазутчиков и собрали их всех в одной камере.

Один из репликаторов пришел позлорадствовать: они просканировали мозги Вулси и узнали о плане с С-4, поэтому всю взрывчатку удалили, и план уже не сработает. Как раз в этот момент сенсоры засекли приближение Дедала, и Главный приказал активировать щиты. И в это мгновенье произошло то, чего репликаторы не ждали: они все одновременно рассыпались в прах. Оказалось, что Родни специально слил пленникам дезу. На самом деле, Атлантийцы минировали генераторы только для отвода глаз, а основной целью была замена кристаллов щита на кристаллы из дезинтегратора. В результате щит превратился в огромное анти-репликаторское оружие.

План успешно завершился как раз вовремя: Шеппарду удалось выйти на связь с Дедалом, когда Колдвелл уже был готов выполнить приказ. Стивен долго не желал верить, что с ним говорят Джон, Джек и Элизабет, но все же выслал команду для проверки, и все закончилось благополучно.В финале О'Нилл разрешил команде Вейр снова занять город и только посетовал, что, отправляясь спасать его, они забыли захватить с собой Картер.