Шеппард, МакКей и еще двое ученых, обследуя спутник Древних, улавливают слабый сигнал бедствия Рейфов с ближайшей планеты. Приземлившись, они обнаруживают пустой поврежденный корабль Рейфов. Но оказывается, что на борту есть один выживший Рейф, очень голодный и во что бы то ни стало желающий убраться с планеты.

Во время осмотра повреждений, нанесенных штормом, двое ученых заражаются неким вирусом. Он вызывает галлюцинации, разрыв сосудов головного мозга, смерть наступает через несколько часов. Город объявляет карантин. МакКей уверен, что следующий он. Бекетт пытается решить проблему.

Джампер Шеппарда спасается от погони. Внезапно Стрелы Рейфов поражает какая-то энергетическая волна, исходящая с планеты. Атлантийцы предполагают, что это особое оружие, но местные жители уверяют, что Рейфы не нападают на них, потому что их планету оберегает богиня Атор.

В одном из отсеков Атлантиса Тейла, Шеппард и Форд находят стазисную кабину с очень старой женщиной внутри. Судя по показаниям, она провела там 10000 лет. Атлантийцы оживляют ее, считая, что она Древняя. Однако проснувшаяся женщина сообщает, что она - доктор Элизабет Вейр из параллельного пространства.

Атлантийцы ищут МНТ на одной из планет, указанных в списке старой Вейр. По легенде здесь существовало братство, которое прятало некую вещь, называемую «потентией», которую они получили от Древнего. Дорога к ней зашифрована. Дженаи, узнав о появлении Атлантийцев, также хотят получить «потентию».

Через 2 недели корабли Рейфов долетят до Атлантиса. Атлантийцы хотят отправить письмо на Землю, среди полученных сведений они решают послать и личные сообщения от всех жителей Атлантиса. Шеппард и Тейла в это время застревают на одной из планет, атакуемых Рейфами.

Тейле по ночам снятся кошмары, в которых она видит Рейфов на Атлантисе. Она пытается разобраться в своей способности предчувствовать приближение Рейфов. Бекетт, анализируя ее кровь, делает странное открытие

Атлантийцы эвакуируются из города, но в это время через Звездные Врата в Атлантис приходит подкрепление с Земли. Полковник Эверетт сообщает, что им надо продержаться несколько дней до прибытия Дедала. Он приказывает выставить вокруг планеты кольцо из бомб, на все башни города устанавливаются тяжелые батареи.

Рейфы атакуют Атлантис. Бомбовый щит вокруг планеты сбит метеоритами, посланными Рейфами. Шеппард предлагает попросить атомные бомбы у Дженаев и послать их на корабль-улей на падл-джампере, управляя им дистанционно из кресла. МакКей и Зеленка пытаются осуществить это. Рейфы высаживаются на Атлантис.