Остатки банды Форда и команда Шеппарда пытаются бежать из камеры на корабле-улье. По пути Джон решает помочь людям, законсервированным в коконах, и беглецы снова оказываются пойманы Рейфами. Постепенно действие фермента начинает проходить, и у принимавших его начинается ломка. Тем временем МакКею удается бежать из пещеры, где его держали люди Форда, за помощью на Атлантис.

Джон оказывается в поле расширения времени, и пока Родни только удается выяснить это, Шеппард уже отчаивается дождаться помощи и начинает исследовать окрестности внутри поля. Он обнаруживает небольшое поселение, жители которого проводят все время в медитациях, следуя по пути к вознесению. Джон еще не знает, что за несколько часов, что Атлантийцы ищут способ вызволить его, ему придется провести в монастыре несколько месяцев.

На Земле, в Командном Центре Звездных врат получена информация, что Гуа’улды, захватившие Трест, смогли проникнуть на Атлантис и заложить там бомбу, которая сдетонирует, как только будет открыта червоточина на Землю – и это должно произойти через пару часов. Доктору Ли удается придумать способ, как с помощью Дедала вовремя переслать сообщение на Атлантис, но и после этого опасность не миновала - бомба запустила сигнал бедствия, который привлек внимание крейсеров Рейфов. Пока МакКей и Кедмен пытаются найти способ спасти город, Вейр начала поиски лазутчика.

Испытание джампера после ремонта заканчивается неудачей, и корабль начинает погружаться в океан. Лобовое стекло не выдержало давления воды, но МакКею удалось вовремя скрыться в заднем отсеке джампера. От сотрясения, полученного при падении, а также от вечной необходимости говорить с кем-то, его сознание порождает видение Саманты Картер. Пока МакКей таким образом спорит сам с собой о путях спасения, на поверхности Шеппард и Зеленка готовят свою спасательную операцию.

Знакомство с очередным аграрным обществом приносит сюрприз. Жители деревни рассказывают, что планету многие поколения защищает некая Башня. На деле оказывается, что Башня чрезвычайно напоминает центральный шпиль Атлантиса, а защитное оружие – управляемые снаряды. Инцидент в деревне приводит к тому, что Шеппард вынужден посетить аудиенцию у Лорда-Защитника и попасть в самую гущу интриг Королевского Двора.

На орбите луны одной из исследуемых планет команда Атлантийцев находит две спасательные капсулы. Во время осмотра одной из них выброс энергии переносит сознание женщины из капсулы в Вейр. Женщина рассказывает, что их корабль был уничтожен Рейфами и просит дать ей пообщаться с мужем, который покоится во второй капсуле. Когда сознание мужчины оказывается в Шеппарде, выясняется, что эта пара – не супруги, а старые враги, которые хотят свести прежние счеты. Полковник Колдвелл пытается справиться с пришельцами, пока они в своей битве не погубили Атлантис. Пока все его попытки были безуспешны, а энергообеспечение города сильно пострадало.

Пока Шеппард расследует исчезновение команды майора Лорна, на Атлантис прибывает один из Дженаев, объявленный у себя на родине вне закона. Он просит у доктора Вейр помощи в свержении шефа Кауна. Элизабет готова согласиться, но только в обмен на МНТ. Когда на Атлантис прибывает большая группа Дженаев, но модуль с собой не приносит, Вейр начинает подозревать ловушку. Тем временем Джон снова сталкивается с шефом Кауном и узнает, что Дженаи решили захватить флот падл-джамперов, чтобы с их помощью уничтожать корабли Рейфов, жертвуя своими жизнями.

Молодой лейтенант приходит в сознание в медчасти Атлантиса, но ничего не помнит о своем прошлом. Из-за того, что все слишком внимательны к нему, Майкл начинает подозревать, что в его прошлом есть какая-то тайна. Выясняется, что он был Рейфом и стал объектом для испытания ретровируса доктора Бекетта, блокирующего гены жуков Иратуса. Тем временем Ронон начинает подозревать, что внешнее обращение Рейфа в человека не изменило его сознания.

Команда Атлантийцев изучала технологию одной из планет, когда МакКей обнаружил, что одно из поселений находится прямо на гигантском вулкане, а частые землетрясения говорят о скором и неизбежном извержении. Вейр разрешает временно эвакуировать жителей на Атлантис, но в это время вулкан просыпается и поглощает врата. Команда Шеппарда оказывается в ловушке на планете, единственный выход – неисправный корабль Древних, идентичный «Авроре», найденный на планете. Доктор Вейр со своей стороны отправляет на помощь Дедал, но ситуация усложняется тем, что к планете приближается корабль Рейфов.

Междоусобные войны у Рейфов привели к тому, что Майкл, некогда обращенный ретровирусом Бекетта в человека, вернулся на Атлантис вместе с небольшой группой своих единомышленников, чтобы предложить объединить усилия в борьбе против остальных Рейфов. Для этого Карсон должен придумать способ распространять ретровирус по воздуху. Но пока все надеются, что обрели новых союзников, подозрения не дают Ронону покоя.