Майор армии США, высококвалифицированный пилот, Джон Шеппард был
членом разведгруппы Земли, отправленной на Атлантиду. Он отправился в галактику
Пегас вместе с экспедицией Атлантиды под руководством доктора Элизабет Вейр, и
стал главным офицером после смерти полковника Маршалла Самнера от руки рейфа.
Он возглавил разведывательную группу Атлантиды, которая путешествует в другие
миры через звездные врата.Шеппард был назначен на Базу Воздушного Флота Мак-Мардо – возможно,
из-за темных страниц его биографии – и совершал перелеты в Антарктику. Ему
поручили перевезти генерала Джека О’Нилла к останкам форпоста Древних для
контроля научно-исследовательской экспедиции в свете последних событий. Там он
обнаружил, что обладает редким геном, позволяющим ему пользоваться технологиями
Древних – и, в отличие от других, имеющих ген, у него он наиболее чистый. Вейр
уговаривает О’Нилла включить Шеппарда в команду, несмотря на его прошлое
(невыполнение приказа ради спасения двух отрядов в Афганистане).