Джексон и МакКей в комплексе Януса пытаются отговорить Асгарда от запуска
устройства, которое раз и навсегда уничтожит Рейфов. Декс и Келлер на
Аполлоне противостоят Тодду, который захватил корабль, чтобы помешать
активации устройства Аттеро. Шеппард и Зеленка на корабле Кочевников
пытаются добраться до комплекса Януса раньше Тодда.

Баларцам пришлось покинуть свой родной мир, потому что они не только имели
иммунитет к чуме Хоффанов, но и стали ядовитыми для Рейфов. Они
переселились на новую планету, местные жители которой согласились их
принять. Но их настроение резко изменилось, когда они узнали, что Рейфы
охотятся на Баларцев. Атлантийцы предложили переселить всех на другую
планету, но некоторые предпочли пойти на сделку с врагом. В результате
предательства МакКей и Бекетт оказываются в плену у Рейфов.

Народы Пегаса создали новую коалицию для борьбы с Рейфами. Связавшись с Атлантисом,
они попросили Шеппарда прибыть на встречу. Однако, вместо переговоров
об общей борьбе, команда Шеппарда оказывается на суде, где их обвиняют
в преступлениях против народов галактики - создание Майкла, чумы
Хоффанов и т.п. Вулси прибывает на суд, чтобы защищать подчиненных. Ему
придется выяснить, кто руководит процессом.

Прибывший через врата джампер совершенно неожиданно для Атлантийцев испустил
энергетический импульс, который отправил в отключку всех обитателей
города. Майкл и его слуги прибыли в Атлантис за Тейлой и ее ребенком.
Энергетическое поле накрыло всю главную башню и лишило команду Шеппарда
возможности приблизиться к захватчикам. Когда же Джону и Родни удался
обходной маневр, а Тейла смогла сбежать и хорошо спрятаться, Майкл
решил активировать самоуничтожение города.

Вулси начинает флиртовать с привлекательной ученой, недавно прибывшей в город, однако,
когда он пытается навести о ней справки, оказывается, что ее не
существует. Ситуация осложняется тем, что МНС как раз прислал агента
для оценки работы Вулси. Тем временем Шеппард оказывается пленен на
материке Новой Лантии старым знакомым Акастусом Колей.

МакКей вместе с Келлер возвращаются на Землю и приезжают в секретную лабораторию его
бывшего соперника по исследованиям. Там происходит демонтрация
чудесного нового изобретения, которое должно бороться с глобальным
потеплением, но ситуация принимает неприятный оборот.

Команды Шеппарда и Лорна отправляются на корабль-улей, который внезапно
появился около Новой Лантии. Он кажется заброшенным, но свет в его
коридорах моргает, а стены движутся. Один из пехотинцев Лорна
обнаруживает коридор, в котором замечает Рейфа-воина без маски. Он
успевает вызвать командира, но пока Эван и Джон прибежали, то уже не
обнаружили ни пехотинца, ни коридора...

Воровка Нива Кессол с помощью устройства Древних обменивается телами с Дженнифер. Пока
атлантийцы обнаруживают подмену, Нива начинает представлять угрозу для
них. Тем временем Келлер пытается разобраться с подельниками Нивы, не
выдав себя.

Детектив Шеппард прибывает на место преступления в Неваде. Найден труп
предположительно белого человека - точнее определить трудно, потому что
от тела остались только кости с иссушенной кожей. После встречи с
агентом ФБР Вулси Джона приглашают в Зону 51, где он знакомится с
доктором МакКеем, который специально прибыл из галактики Пегас,
полагая, что разыскиваемый серийный маньяк - представитель инопланетной
расы, проникший на Землю.

Тодд передал на Атлантис сообщение, что Рейфам удалось найти несколько МНТ, и они строят новый огромный улей. Атлантийцы решают уничтожить корабль, пока он не достроен. Но они прибывают слишком поздно. Улей наносит серьезные повреждения Дедалу, но неожиданно скрывается в гиперпространстве. МакКею удается запеленговать сигнал из другой реальности. После его расшифровки становится ясно, что Рейфам кто-то передал координаты Земли.